به منظور طراحی و تدوین راهبردها و برنامه عملیاتی زیست‌بوم تجارت الکترونیکی در افق 1407، با همکاری بیش از 150 صاحب‌نظر از دانشگاه‌های برتر کشور و برگزاری 50 جلسه طی یکسال، الگوی جامع و یکپارچه زیست‌بوم تجارت الکترونیکی با نام اطلس تجارت الکترونیکی در هفت زیرنظام تدوین شده است.

برنامه مذکور در نشست‌های تخصصی استان‌ها با حضور اتاق‌های بازرگانی و انجمن‌ها و اتحادیه‌های تخصصی مورد بررسی قرارگرفته و پس از اصلاح و به‌روز‌رسانی در اختیار فعالین زیست‌بوم تجارت الکترونیکی کشور قرار گرفته است. در نهایت هفت زیرنظام با همکاری دانشگاه تهران به صورت ذیل تعریف شده است.

1) زیرنظام حکمرانی
     نظام مسائل:
     - رویکرد جزیره‌ای و بخشی‌نگری در خصوص تجارت الکترونیکی در ساختار حاکمیت
     - نگرش غیرمشارکتی در حکمرانی زیست‌بوم تجارت الکترونیکی
     - عدم وجود قوانین و مکانیزم بازدارنده و اجرایی قوی در حوزه جرایم تجارت الکترونیکی
     - عدم اطمینان کامل از امنیت اطلاعات در حوزه تجارت الکترونیک
     - کیفیت پایین حمایت از حقوق مالکیت فکری

2) زیرنظام زیرساختی
     نظام مسائل:
     - فقدان رویکرد زنجیره ارزشی در توسعه زیرساختی
     - نبود سیستم حمل و نقل سریع، ایمن و یکپارچه در کشور
     - تمرکز‌گرایی نهادهای تسهیل‌گر در تهران
     - عدم دسترسی مناسب کسب‌و‌کارها به داده‌ها و تحلیل‌های تجاری

3) زیرنظام تأمین مالی
     نظام مسائل:
     - کمبود نهاد‌های حمایت‌کننده مالی تخصصی در حوزه کسب‌و‌کارهای الکترونیکی
     - عدم تنوع در الگوهای حمایتی مالی برای کسب‌و‌کارهای الکترونیکی
     - عدم اتخاذ روش‌های پیشرفته و نوین پرداخت الکترونیکی در بین مصرف کنندگان و فعالین کسب و کار

4) زیرنظام بازار و فروش
     نظام مسائل:
     - عدم بهره‌گیری مناسب کسب‌و‌کارها از همه ظرفیت‌های تجارت الکترونیکی
     - عدم اتصال مطلوب مشاغل محلی و خرد به بازارهای ملی و فرامرزی
     - کاهش رقابت‌پذیری بازار به دلیل انحصارگری، دامپینگ و ...

5) زیرنظام فرهنگی و اجتماعی
     نظام مسائل:
     - عدم اعتماد لازم مصرف‌کنندگان جهت خرید‌‎های بزرگ آنلاین
     - عدم تمایل استفاده از فناوری‌های نوین در نسل‌های قدیمی
     - هم‌افزایی پایین فعالان جهت توسعه و رشدکسب‌و‌کارها

6) زیرنظام توسعه فناوری
     نظام مسائل:
     - عدم رسوخ مطلوب فناوری‌های نوین در کسب‌و‌کارهای سنتی
     - نرخ پایین تحقیق و توسعه دیجیتال محور در کسب‌و‌کارها
     - نرخ پایین شکل‌گیری کسب‌و‌کارهای مقیاس‌گرای دیجیتالی
     - عدم بروز بودن دستگاه‌های حاکمیتی در حوزه فناوری‌های نوین دیجیتالی

7) زیرنظام سرمایه انسانی و توانمندسازی
     نظام مسائل:
     - نرخ بالای مهاجرت متخصصین حوزه تجارت الکترونیکی
     - کمبود نیروی متخصص در فناوری‌های نوظهور تجارت الکترونیکی
     - استفاده نامطلوب از ظرفین نخبگان ایرانی خارج از کشور