اهم وظایف این دفتر عبارتند از:
- سیاست‌گذاری و برنامه‌ریزی برای استقرار تجارت الکترونیکی در کشور
- طراحی و پیاده‌سازی طرح‌های مختلف تجارت الکترونیکی در ایران
- طراحی و پیاده‌سازی زیرساخت مناسب برای تجارت الکترونیکی
- ایجاد بستر مناسب برای تشکیل مرکز صدور هویت و گواهی‌های الکترونیکی
- تدوین استانداردهای ملی تجارت الکترونیکی
- همکاری در تدوین قوانین و مقررات مربوط به تجارت الکترونیکی و پیشنهاد به مراجع ذیربط
- بسترسازی، هماهنگی و همکاری با سایر دستگاه‌های اجرایی در انجام وظایف قانونی و سازمانی
- تهیه گزارش پیشرفت طرح‌های تجارت الکترونیکی وزارت بازرگانی
- اجرای طرح‌های پژوهشی تجارت الکترونیکی
- آگاه‌ سازی عمومی و فرهنگ سازی تجارت الکترونیکی در کشور
- فعاليت در زمينه امنیت شبکه، سیستم‌های اطلاعاتی و سیستم‌های مرتبط با تجارت الکترونیکی
- تدوین روش‌های ایمن تجارت الکترونیکی