به منظور حفظ یکپارچگی در ارتباط بین ارکان اصلی گواهی امضای الکترونیکی در کشور شامل مرکز ریشه و چگونگی برخورد برای ساماندهی مراکز میانی تحت پوشش آن و با لحاظ مسوولیت‌های موجود در کاربرد مراکز صدورگواهی الکترونیکی و حفظ سلسله مراتب حاکمیتی یک مرکز ریشه بر مراکز میانی، درششمین جلسه شورای سیاست‌گذاری گواهی الکترونیکی مورخ 19/02/1388 به استناد بند ت از ماده 3 آیین نامه اجرایی ماده (32) قانون تجارت الکترونیکی مصوب 1382 هیئت وزیران، دستورالعمل اجرایی ساماندهی مراکز صدورگواهی الکترونیکی میانی در 7 ماده به تصویب رسید.